Sarcinile principale ale Centrului:
- organizarea, dezvoltarea şi dirijarea metodică a sistemului de stat al observaţiilor meteorologice şi agrometeorologice;
- elaborarea prognozelor de interes public şi a avertismentelor privind fenomenele meteorologice nefavorabile, care se transmit regulat organelor administraţiei publice centrale şi locale, serviciilor mass-media;
- asigurarea agenţilor economici cu informaţie specializată în baza contractelor încheiate conform planurilor-schemă coordonate de Ministerul Mediului;
- controlul utilizării informaţiei meteorologice de către agenţii economici;
- prezentarea la cerinţa persoanelor juridice şi fizice a informaţiei specializate, care confirmă fenomenele periculoase şi stihinice, amploarea şi intensitatea lor;
- analiza sistematică, generalizarea condiţiilor meteorologice şi agrometeorologice create, perfectarea şi publicarea materialelor informative şi de regim şi asigurarea organelor administraţiei publice centrale şi locale, agenţilor economici şi a populaţiei cu informaţie metodică şi de regim;
- efectuarea cercetărilor ştiinţifice şi aplicative în domeniul meteorologiei.
În structura Centrului sunt incluse următoarele Direcții:
- Direcția Prognoze Meteorologice (DPM)
- Direcția Meteorologie și Climatologie (DMC);
- Direcția Monitoring Agrometeorologic (DMA);
- Direcția Gestionarea Informaţiei(DGI);
- Reţeaua Naţională de Observaţii Meteorologice (RNOM).